Der Flecken Horneburg entstand als Burgsiedlung einer im Jahr 1255 durch den Bremer Erzbischof Gebhard II. errichteten Niederungsburg, die durch einen Arm der Lühe vollständig von Wasser umgeben war. Bedeutende Adelsfamilien wie die von Borch, von Schulte, von der Osten und von Düring hatten hier ihren Sitz. Mehrfach war die Befestigung Schauplatz von Fehden und Feldzügen, so beispielsweise im Jahr 1311, als die Burg durch ein Heer des Bremer Erzbischofs Jens Grand belagert wurde. Ziel des Angriffs war es den legendären Ritter Heinrich von Borch, genannt Isern Hinnerk, zu fassen. Während des Dreißigjährigen Krieges wurde die durch die moderne Militärtechnik bereits bedeutungslos gewordene Burg vollkommen zerstört.

Im Herbst des Jahres 2014 wurde der stark verlandete Umfassungsgraben der Horneburg ausgebaggert. Diese Arbeiten wurden durch die Archäologische Denkmalpflege des Landkreises Stade fortlaufend begleitet. Dabei konnten in einem Abschnitt des Grabens zwei parallele Pfostenreihen beobachtet werden, die wahrscheinlich zu einer Brückenkonstruktion gehört haben dürften. Die Hölzer verblieben in situ, daher konnten keine Proben zur Altersbestimmung gewonnen werden.

Mit Genehmigung des Grundstückseigentümers wurde der Innenraum der Burg zusammen mit ehrenamtlichen Sondengängern mit Metalldetektoren untersucht. Es fanden sich unter anderem Musketenkugeln und geschmolzene Objekte, die auf die Katastrophe des Dreißigjährigen Krieges hindeuten.