Auf Geheiß des Bremer Erzbischofs Gerhard II. wurde um das Jahr 1255 in einem Winkel (Horn) der Aue die Horneburg errichtet. Zu den Burgmannsfamilien gehörten auch die der Schulte von der Lühe, die zu einem unbekannten Zeitpunkt auf einer runden Sandinsel nahe der Auefurt eine Kapelle stifteten, die der Heiligen Gertrud, der Schutzpatronin der Reisenden und Seefahrer, geweiht war. Hintergrund der Stiftung war vermutlich die wachsende Bedeutung Horneburgs im Spätmittelalter in Bezug auf Handel und Schifffahrt.

Im Dreißigjährigen Krieg wurde Horneburg im Jahr 1632 von Tillys Truppen erobert und niedergebrannt, Burg und Hauptkirche zerstört. Auch die Gertrudenkapelle sank in Trümmer und wurde nicht wieder aufgebaut. Der Platz allerdings wurde als Gemeindefriedhof mit Grabgewölbe einer im Ort ansässigen Adelsfamilie weiter genutzt. Die fast kreisrunde Wurt mit einem umlaufenden, heute verfüllten Graben bot darüber hinaus reichlich Raum für weitere Spekulationen. Heimatforscher vermuteten beispielsweise eine mögliche Vornutzung in Form eines Ringwalles.

Als die Gemeinde Horneburg im Jahre 1988 eine Umgestaltung des inzwischen verwilderten „Alten Friedhofs“ ins Auge fasste, gelang es – bis dahin erstmalig im Kreisgebiet – einen für Bestattungen geschlossenen historischen Friedhof vor der Totalräumung zu bewahren und schützen. Zur Klärung der Platzgeschichte wurden dann Bohrungen und kleine Sondagen durchgeführt.

Die Bohrungen ergaben Einblicke in den Aufbau der Kapellenwurt und führten auch zur Entdeckung des Kapellenfundamentes. Anschließende Grabungen wiesen die Gründung eines Ost-West ausgerichteten Backsteingebäudes von 17 x 6 Meter Größe mit einer halbrunden Apsis nach. Nach Räumung der der Kapellentrümmer hatte man die Wurt gleichmäßig um 1,50 Meter mit leichtem Sandboden aufgehöht und der Platz in Begräbnisplätze unterteilt. Eine Maßnahme, die einerseits das Anlegen der Grabgruben erleichtern sollte und anderseits dazu diente, die Verstorbenen aus dem hohen Grundwasserspiegel der Flussniederung zu bekommen.

Nach Abschluss der Untersuchungen wurde der rekonstruierte Grundriss der Gertrudenkapelle mittels großer Feldsteine markiert. Nach den gefundenen Ziegelresten dürfte der schlichte, einschiffige Bau am Ende des Mittelalters entstanden sein. Eine Vornutzung durch einen vermuteten Ringwall konnte infolge der begrenzten Eingriffe nicht nachgewiesen werden, ist aber wahrscheinlich.